Depuis plus d’un siècle, l’intensification de l’agriculture, le développement urbain, la croissance des infrastructures et du maillage des voies de communication, la pollution, l'introduction d'espèces et la modification du climat ont entraîné une fragmentation et une perte de la diversité biologique qui fait la richesse du continent européen ; par ailleurs, l’abandon de certaines pratiques traditionnelles est également en cause : cet effet cumulatif place l’homme au cœur des processus de maintien de la biodiversité.
L’originalité de Natura 2000 réside dans la réponse apportée à ce constat préoccupant : partant du principe que la biodiversité est une valeur, l’Europe n’a pas souhaité seulement préserver cet acquis mais le valoriser au sein de ses régions. Loin de vouloir sanctuariser la nature, Natura 2000 représente un enjeu de développement durable des territoires ruraux remarquables en ce qu’il concilie sauvegarde de la biodiversité et maintien des activités humaines respectueuses et responsables.