Le contrat permet de financer des actions (entretien, travaux) en faveur des habitats et des espèces d’intérêt communautaire. Le coût de ces actions est évalué au montage du contrat (sur la base d'une grille nationale, de devis) et pris en charge par l’Union Européenne et l’État principalement.
Un contrat comporte :
- le descriptif et la délimitation spatiale des opérations à effectuer pour l’entretien ou la restauration des habitats naturels, des espèces et de leurs habitats
- le descriptif des engagements qui donnent lieu au versement d’une contrepartie financière ainsi que le montant, la durée et les modalités de versement de cette contrepartie
- le descriptif des engagements non rémunérés
- les points de contrôle et les justificatifs à produire permettant de vérifier le respect des engagements
Il existe trois types de contrats Natura :
- les contrats Natura 2000 forestiers ;
- les contrats Natura 2000 non agricoles-non forestiers.
- les contrats Natura 2000 agricoles, désormais appelés Mesures Agro-Environnementales et Climatiques (MAEC) ; il s'agit des versions revues et corrigées des anciens CTE, CAD et MAEt ;